Strukturę organizacyjną Instytutu tworzą:
Dyrektor
• Zastępca Dyrektora
• Zastępca Dyrektora
• Zastępca Dyrektora
• Zastępca Dyrektora
• Główny Księgowy
1)
Dział Standardów Konserwatorskich, w skład którego wchodzą:
a) Zespół ds. dziedzictwa archeologicznego,
b) Zespół ds. krajobrazu i zieleni zabytkowej,
c) Zespół ds. ekspertyz i analiz zabytków,
d) Zespół ds. monitoringu zabytków;
2)
Dział Kształcenia o Dziedzictwie, w skład którego wchodzą:
a) Zespół ds. upowszechniania wiedzy,
b) Zespół ds. komunikacji społecznej,
c) Zespół ds. wydawnictw,
d) Zespół biblioteki;
3)
Dział Danych o Zabytkach, w skład którego wchodzą:
a) Zespół ds. archiwaliów,
b) Zespół ds. danych cyfrowych,
c) Zespół ds. rejestru i ewidencji zabytków;
4) Zespół biura dyrektora;
5) Zespół ds. administracyjnych;
6) Zespół ds. finansowych;
7) Zespół ds. kadrowych;
8) Zespół ds. koordynacji i rozliczania programów;
9) Zespół ds. obsługi prawnej;
10) Samodzielne Stanowisko ds. audytu wewnętrznego – audytor wewnętrzny;
11) Samodzielne Stanowisko ds. informacji niejawnych – Pełnomocnik Dyrektora ds. Ochrony Informacji Niejawnej;
12)
Oddział Terenowy w Gdańsku, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Toruniu;
13)
Oddział Terenowy w Krakowie, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Kielcach;
14)
Oddział Terenowy w Olsztynie, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Białymstoku;
15)
Oddział Terenowy w Opolu, w skład którego wchodzą:
a) Pracownia Terenowa w Katowicach,
b) Pracowania Terenowa w Łodzi;
16)
Oddział Terenowy w Poznaniu, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Szczecinie;
17)
Oddział Terenowy w Rzeszowie, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Lublinie;
18)
Oddział Terenowy we Wrocławiu, w skład którego wchodzi Pracownia Terenowa w Zielonej Górze;
19) Specjalistyczna Pracowania Terenowa „Centrum Architektury Drewnianej” w Otwocku;
20) Specjalistyczna Pracownia Terenowa „Park Mużakowski” w Łęknicy;
21) Specjalistyczna Pracownia Terenowa „Zespół pałacowo-parkowy” w Trzebinach.
WYBIERZ WOJEWÓDZTWO 
